Ba tháng sau tin dữ từ Quy Nhơn, quá trình chuẩn bị cho cuộc đột kích được tiến hành hết sức thận trọng và kín đáo. Đào Duy Từ đã trình bày thành công với chúa về kế hoạch huy động một đội quân tinh nhuệ, dưới danh nghĩa truy quét băng nhóm buôn lậu vũ khí, để tránh làm lộ mục tiêu thật sự trước khi hành động.

Tiến dành phần lớn thời gian huấn luyện đội hộ vệ, kết hợp thêm những binh sĩ được chọn lọc kỹ càng từ quân đội chính quy, xây dựng một lực lượng đủ mạnh để bao vây toàn diện khu vực nghi vấn ở Quy Nhơn, kể cả tính tới khả năng có đường hầm ngầm thoát hiểm.

"Chúng ta cần tính tới mọi tình huống có thể xảy ra." Tiến nói với những người lính dưới quyền trong một buổi huấn luyện, giọng nghiêm túc khác hẳn vẻ điềm tĩnh thường ngày. "Đối phương lần này không phải những kẻ tầm thường như Cả Sênh hay Lý Văn Khiêm trước đây.