Trong vòng hai ngày, Đào Duy Từ thu xếp để Phạm Nhữ Tôn cùng gia đình và người cháu họ được đưa tới một trang trại nhỏ hẻo lánh cách xa thành, dưới danh nghĩa "dưỡng bệnh" để tránh gây chú ý không cần thiết trong triều đình. Chỉ một số rất ít người biết địa điểm thực sự, và Tiến đích thân bố trí lực lượng canh gác kín đáo quanh khu vực.

Chúa Nguyễn Phúc Nguyên, khi được trình bày riêng toàn bộ sự việc, tỏ ra vừa bàng hoàng vừa cân nhắc kỹ lưỡng trước quyết định cuối cùng. "Một vị quan đã phục vụ triều đình hơn ba mươi năm lại dính líu tới một tổ chức ngầm nguy hiểm như vậy." Chúa nói, giọng nặng nề. "Đây là một cú sốc lớn, dù trẫm đã phần nào đoán được qua những gì khanh trình bày trước đây."

"Thần hiểu sự phẫn nộ của chúa thượng." Đào Duy Từ đáp.